跟踪单个活体干细胞成像研究

     美国国家标准技术研究院（NIST）近日发布一款新的图像分析工具，结合录像和高功率计算，使得人们可以更加接近评估、理解和量化用于相关疗法或产品的细胞群特征。该工具名为网页图像处理管道（简称WIPP），类似地图应用程序。通过该工具，细胞培养物被分成真实的位置，可以通过非常像GPS点或地理地图应用来探索和应用。WIPP还允许使用者检查从任何角度观察他们选择的培养皿中发生的情况。

     跟踪单个活体干细胞成像研究比较简单：使用现有工具（如视频显微镜）拍摄固定的干细胞，运行镜头并观察随时间推移细胞的情况。但如果有成千上万的细胞，并且拍摄足够的图像以捕捉每个细胞的运动和变化，这就需要很多电脑。例如，5天三次实验可以产生等于1TB的数据集，笔记本电脑或台式机系统硬盘区上难以承担大量数据的处理工作。

      WIPP利用服务器的计算能力和WEB界面的灵活性避开了这个问题。研究人员将数据上传到服务器中，服务器执行部分计算操作，另一部分则通过浏览器由台式机来执行。在WIPP系统中，可以在各种地图中浏览，并访问培养皿中的不同位置，还可以随时发现每个位置发生的情况以及细胞的生长变化。

    WIPP结合了图像背后的计算，提取分析数据以匹配实验的每个视图，允许用户收集关于这些指标的形状、大小、纹理特征、荧光强度、对比度以及变化率的关键计量值，并且可以分析不同时空每个细胞群内的集落情况。研究人员还可以使用WIPP系统追溯实验中的计算情况。

    该系统还可以用于评估下一代药品及其制造后的情况。近期美国FDA批准白血病基因疗法就是一个最新例子。在制造过程中，质量评估和监测必须是可复制和精确的，这种质量控制必须由细胞群体级别完成，这就需要WIPP这样具有大数据量级处理的能力。NIST将免费向所有用于研究目的的人提供WIPP界面，包括开放源代码。